L'APJU est une association qui compte environ 800 membres, personnel au service du canton du Jura ou de collectivités relevant de ce dernier.

Elle est une partenaire sociale reconnue par les autorités cantonales. Elle a donc la possibilité de s'exprimer lors des différentes consultations que lui soumet le gouvernement jurassien. Elle participe activement aux rencontres entre l'exécutif cantonal et la coordination des syndicats, dont elle est un des membres.

Elle est étroitement associée à la gestion de la caisse de pensions jurassienne. Elle désigne deux membres du conseil d'administration et dispose de dix-sept représentants à l'assemblée des délégués des employés.

Elle procure toute l'aide possible à ses membres en difficultés: conseils, assistance juridique, assurance perte de gain, caisse de secours, ...